بنفي السيد عمر مكرم إلى دمياط لم يبق أمام محمد علي إلا المماليك، ويخلص له حكم مصر دون منافسة، وكان محمد علي قد أغرى المماليك بترك الصعيد والإقامة في القاهرة لكي يكونوا تحت بصره فيأمن مكرهم، ولما طلب السلطان من محمد علي التوجه إلى الحجاز لضرب الحركة الوهابية، خشي تاريخ مصر والعرب الحديث تاريخ مصر والعرب الحديث محمد علي عودة المماليك لماوآته منتهزين فرصة غياب الجيش في الحجاز، وعلى هذا دبر أمر التخلص منهم، إذ دعاهم إلى الاحتفال بالقلعة بمناسبة خروج الجيش المصري بقيادة ابنه طوسون إلى الحجاز، وبعد انتهاء مراسم الاحتفال حوصرت فرق المماليك وتم قتلهم جميعًا إلا من استطاع الفرار. وهكذا انفرد محمد علي بحكم مصر وبدأ في بناء القوة الذاتية المنظمة في النواحي الاقتصادية والإدارية والسياسية.